Ponteranica ha invece condiviso spesso il proprio destino politico ed amministrativo con il vicino paese di Sorisole, con il quale si trovava inserito già nella corte regia  della Morla di epoca longobarda. Il periodo successivo fu caratterizzato dallo sviluppo del feudalesimo  che, inserito nel contesto del Sacro Romano Impero , vide i due borghi finire in gestione alla diocesi di Bergamo prima, ed ai monaci della valle di Astino  poi. Ed è a quel periodo che risalgono i primi documenti che attestano l’esistenza del borgo: nel Xii secolo  vengono infatti citati i nomi di Ponteranica e della contrada Prato della Rovere (oggi Petos). Quell’epoca si caratterizzò per i violenti scontri tra guelfi e ghibellini , che non risparmiarono nemmeno il borgo di Ponteranica. Di fazione guelfa, rivestì un ruolo di primissimo piano nello scenario delle lotte nella provincia bergamasca. Questo costrinse il paese a dotarsi di numerose fortificazioni intorno al nucleo abitativo, la principale delle quali si trovava nella parte alta del borgo e, comprendente un castello con torri e bastioni, era conosciuta con il nome di Castello della Moretta. Le cronache del tempo ci raccontano numerosi fatti di sangue, incendi e distruzioni negli ultimi anni del XIV secolo , con attacchi e rappresaglie a cui pone momentaneamente fine l’intervento di Gian Galeazzo Visconti . La tregua durò poco, tanto che già nel 1404 i ghibellini della città di Bergamo attaccarono Sorisole e Ponteranica, distruggendo torri difensivi e causando più di trecento morti.