I primi insediamenti umani presenti sul territorio comunale sono databili all' età del bronzo , come è stato possibile stabilire grazie al ritrovamento di frammenti scheletrici e di suppellettili inseriti in un corredo funerario. Questi reperti, rinvenuti nella gortta dei polacchi  sono ora conservati presso il museo aercheologico di Bergamo Le successive epoche non hanno lasciato resti sul territorio, anche se probabilmente vi furono piccoli nuclei abitativi in epoca romana e longobarda . Queste tesi paiono essere suffragate dal significato etimologico che, secondo alcuni, deriverebbe dalla voce latina rupta, inteso come una via aperta tra ostacoli. Altre ipotesi vedrebbero risalire il significato etimologico dal lemma longobardo Rothar (persona rossa di pelo), che implicherebbe quindi la presenza di genti di stirpe longobarda. Un'ultima interpretazione vorrebbe invece riferire il nome a ruota, elemento compreso anche nello stemma della famiglia Rota, che da qui ebbe origine. È comunque in epoca medievale che il paese comincia ad assumere una fisionomia ben precisa, tanto da essere citato in documenti ufficiali per la prima volta nell’anno 1151. Composto principalmente dai nuclei di Rota Dentro e Rota Fuori, nonché da svariate contrade, vide imperversare in epoca medievale scontri cruenti, molto più che nelle altre zone della provincia bergamasca, tra guelfi e e ghibrellini . Questo per il fatto che la valle Imagna, prevalentemente guelfa, era in netta contrapposizione con l’attigua valle Brembilla, schierata con i ghibellini: in tutta la zona sorsero castelli e fortificazioni, e Rota non fu da meno. I primi scontri videro prevalere i guelfi, tanto che i ghibellini chiesero aiuto ai Visconti , signori di Milano . Questi riuscirono a sconfiggere gli avversari e ad estendere il proprio dominio sulle valli della zona. Il modo con cui infierirono sugli avversari portò i guelfi a cercare più volte la vendetta con ulteriori uccisioni. Dopo continui ribaltamenti di fronte il dominio dei Visconti e dei ghibellini fu definitivo, seguito da ulteriori saccheggi nel 1382, nel 1398 e nel 1404. Una leggenda racconta di un raccapricciante episodio avvenuto al termine di quest'ultima battaglia che vide protagonista tale Andrea, abitante di Rota. Fatto prigioniero, venne barbaramente decapitato, tanto che gli avversari giocarono con la sua testa, facendola rotolare con ripetuti calci. La situazione si rovesciò quando la zona passò sotto il controllo della repubblica di venezia  che, in contrapposizione con i Visconti, sosteneva lo schieramento guelfo. Seguirono distruzioni nei confronti dei possedimenti ghibellini, mentre i paesi guelfi, tra cui Rota, ebbero un trattamento di favore come citato in documenti dell’epoca:   « I Valdimagnini per la loro integrità della fede e fedeltà alla Repubblica, difendendola contro il Duca di Milano, furono dal Doge con privilegi, grazie e favori arricchiti et onorati »     Nel corso degli anni andò acquisendo sempre maggiore prestigio la locale famiglia dei Rota, che si stabilì a Venezia e diede numerose personailtà di spicco alle istituzioni lagunari. Altro personaggio di prestigio nato nel paese fu Giacomo Quarenghi , rinomato architetto e pittore vissuto tra il XVIII ed il XIX secolo. I secoli successivi videro pochi fatti di rilievo coinvolgere la piccola comunità che, forte del proprio isolamento, seguì le vicende del resto della provincia senza parteciparvi in modo diretto. I comuni di Rota Dentro e Rota Fuori rimasero distinti fino al 1927  quando vennero fusi nella nuova entità amministrativa Rota d'Imagna