La sua storia, nella quale mancano eventi di particolare rilievo, non si discosta da quella dei territori circostanti, assoggettati nel corso dei secoli a diverse dominazioni. Possedimento dei Visconti nel Medioevo fu a lungo travagliata dalle sanguinose lotte tra i guelfi e i ghibellini, che portarono morte e distruzione in tutto il circondario. Il toponimo è composto di "villa" e del termine locale "ogna", derivante dal latino ONES, che significa 'ontano'. Al centro di un'intensa attività manifatturiera, con numerose fucine per la trasformazione dei minerali ferrosi provenienti dalle miniere dell'alta Valle Seriana, dalla prima metà del XV secolo passò sotto la repubblica di Venezia, di cui seguì le sorti fino all'avvento di Napoleone, sul finire del Settecento. Annessa al regno d'Italia, dopo la dominazione aurstriaca e il Risorgimento, seguì le successive vicende nazionali e internazionali. Il patrimonio architettonico annovera alcuni edifici di culto: la chiesa parrocchiale, dedicata al Sacro Cuore e a San Matteo, ultimata all'inizio degli Cinquanta; la vecchia parrocchiale, edificata nel XVI secolo, con pregevoli affreschi d'epoca, e la chiesa di San Giovanni Evangelista, di origine cinquecentesca ma ricostruita verso la metà del 1600. Un certo interesse suscita anche la cosiddetta "Ca' di Case", una delle antiche case in pietra del vecchio nucleo di Ogna.