Le origini del paese risalgono all' epoca romana  quando il paese fu interessato da un'opera di centuriazione e dal passaggio di un'importante via di comunicazione utilizzata sia in ambito militare che in quello commerciale. Questa tesi è suffragata da numerosi reperti che, databili tra il secondo ed il terzo secolo d.C., consistevano in numerose monete, anfore e suppellettili, nonché sepolture. Si pensa inoltre che in tale periodo il paese fosse inserito nel pagus fortunensis, al pari degli altri borghi dell'isola. Tuttavia per aspettare il primo documento che attesti con certezza l'esistenza del toponimo, bisogna aspettare fino al X secolo, quando vengono menzionati terreni posti a Madono. In quel periodo storico la zona era inserita nel Sacro Romano Impero, in cui i reggenti inserirono il feudalesimo. Inizialmente affidato alla gestione del vescovo di Bergamo, Madone venne quindi interessato dalle lotte tra le fazioni guelfe e ghibelline, che imperversarono in tutta la provincia bergamasca. In tal senso sul territorio comunale sorsero numerose fortificazioni difensive, tra cui un castello, di cui ora non vi sono più tracce. Il potere era detenuto dalle famiglie ghibelline dei Boselli e dei Maldura, che dovevano guardarsi dagli attacchi della famiglia guelfa dei Colleoni di Trezzo sull'Adda. Questi ultimi, in una delle incursioni a Madone, saccheggiarono il borgo mettendolo a ferro e fuoco, distruggendo il castello. La situazione ritornò alla tranquillità a partire dal 1428 quando, unitamente al resto della provincia bergamasca, venne posto sotto il dominio della Repubblica di Venezia, la quale emanò una serie di provvedimenti volti a migliorare la situazione sociale ed economica. Da quel momento pochi furono gli avvenimenti degni di nota per il paese, che seguì le sorti del resto della provincia, passando alla Repubblica Cisalpina nel 1797, al Regno Lombardo-Veneto nel 1815, ed infine al neonato Regno d'Italia nel 1859, con il quale ottenne anche l'autonomia amministrativa. Tale autonomia venne revocata nel 1927 quando venne accorpato al vicino comune di Chignolo d'Isola, assumendo il nome di Centrisola. Al termine della seconda guerra mondiale, precisamente nel 1948, Madone riacquisì la sospirata autonomia. Il simbolo del paese è la ex fornace dei mattoni, da cui si ritiene derivi sia il nome "Madone" che lo stemma del comune, il quale richiama grossomodo dei mattoni. La fornace era caratterizzata da un'alta ciminiera che è parzialmente crollata a causa di una tromba d'aria il 30 agosto 2007.