Le origini del paese sono molto antiche: possono essere fatte risalire al III secolo a.C., epoca in cui si verificò la colonizzazione Romana. Tale ipotesi è suffragata da numerosi ritrovamenti avvenuti sul territorio comunale, tra i quali spicca un mosaico di straordinaria fattura che, ritenuto il miglior esempio di arte romana di tutta la provincia bergamasca, è oggi custodito nel Museo Archeologico di Bergamo. Anche il significato etimologico del nome risalirebbe a quel periodo: calx infatti indicherebbe proprio il materiale presente in natura con il nome di calcio (i cui composti assumono il nome di calce), molto comune in quel tempo specialmente sulle rive del fiume Oglio, dove si verificarono i primi insediamenti umani stabili. Dopo il termine della dominazione romana, sul territorio si verificò l'arrivo dei Longobardi prima, e dei Franchi poi. Furono questi ultimi a creare i presupposti per la formazione del Sacro Romano Impero, i cui reggenti governarono le sorti del paese per tutta l'epoca medievale. Ed è a questo periodo che risalgono i primi documenti scritti che attestano l'esistenza del borgo: nel 1035 infatti si cita in loco Calzo, per indicare alcuni possedimenti del Vescovo di Cremona, al quale era stato donato in feudo il borgo dall’imperatore, unitamente alle zone circostanti. Altri documenti a questo successivi ci permettono di venire a conoscenza del fatto che lo stesso vescovo concesse il paese di Calcio in feudo alla famiglia dei Sommi, ribadendo comunque l’appartenenza del paese alla diocesi cremonese. Successivi cambi portarono il borgo a gravitare nel distretto di Soncino (nel 1311), per poi ritornare nell'area cremonese qualche decennio più tardi. Nuove cessioni riguardarono questo territorio: prima al conte Gabriolo Aliprandi, poi alla famiglia milanese dei Visconti, ed infine alla famiglia dei Secco, originaria di Caravaggio. Fu con questi ultimi che il paese visse un periodo di rinascita, dopo un lungo periodo di abbandono e di povertà che aveva reso il territorio una zona paludosa e per nulla sicura. La famiglia, tra le più in vista dell'intera Lombardia, garantì ai propri sudditi una serie di esenzioni, sgravi e diritti che fecero rinascere socialmente ed economicamente il borgo, che assunse un ruolo di rilievo tra i paesi del circondario. Posto in una zona di confine, tra la Repubblica di Venezia ed il Ducato di Milano, era da considerarsi una vera e propria zona franca, chiamata Calciana, senza tasse da versare e con una propria amministrazione. E come in tutte le zone di confine, notevole era il contrabbando praticato nonostante le rigide leggi che lo vietavano, pena dure sanzioni, anche se per gli abitanti stessi questa era una delle principali fonti di sostentamento. La totale esenzione dalle tasse durò fino alla metà del XVIII secolo, mentre pochi decenni più tardi si verificò il passaggio alla Repubblica Cisalpina. La nuova dominazione revocò tutti i privilegi riservati al paese, che fu annesso al dipartimento facente a capo a Bergamo, ed unito amministrativamente ai vicini comuni di Pumenengo e Torre Pallavicina. Il successivo arrivo degli austriaci, che instaurarono il Regno Lombardo-Veneto, non ripristinò le vecchie agevolazioni ma garantì un nuovo sviluppo che portò nuovamente il paese di Calcio ad occupare un ruolo predominante in ambito economico nella pianura bergamasca. Nel XX secolo il paese subì la crisi del settore agricolo che, non compensata dall'evoluzione industriale, lo ha nuovamente relegato a ruolo marginale nell'economia della bassa bergamasca.