Il nome origina dal latino Caenum, che significa fango, ad indicare un luogo dove le acque del fiume Serio  ristagnavano. Il nome del paese compare per la prima volta in un documento dell'anno , quando viene citato Gaudeverto Capitaneus de Cene. La sua posizione strategica garantì al paese un ruolo di primissimo piano nelle vicende della valle: in epoca romana furono costruite fortificazioni e cinte murarie, mentre in epoca medievale ben tre castelli con sette torri. Le torri sono andate completamente distrutte, ma i tre castelli conservano ancor oggi qualche piccolo resto visibile: sia il primo, in località Castel alle pendici del Monte Bue, che il secondo, sul fianco del monte Pizzo, conservano resti dell'originale muratura. Il terzo sorgeva invece dove ora si trova la chiesa parrocchiale, tanto che la torre è stata trasformata in campanile. In questo periodo il paese era diviso tra Cene di sopra,sotto la giurisdizione del podestà di Gandino e di fazione ghibellina , e Cene di sotto, posta sotto tutela del Consiglio Maggiore di Albino , di fazione guelfa . Di antica costruzione è la chiesa parrocchiale, dedicata a San Zenone : edificata nel 1142 , fu ricostruita dall'architetto Luca Lucchini  di Certenage ed ampliata nel 1429 .