Anche se molti storici hanno descritto il paese come un borgo di antiche origini, il primo documento che ne attesta l’esistenza risale all’anno 774, quando, nel Codex Diplomaticus viene nominato il borgo di Casco ("Re-gente per Orsone et Sabotino massarii in Cascas").   Le origini del nome Il toponimo definitivo di Cenate appare qualche decennio più tardi, precisamente nell'830, quando un documento di eredità recita Casa sua de Cenate. Il nome precedente di Casco venne utilizzato per identificare una piccola frazione, vicino alla frazione di Sant’Ambrogio. La parrocchia ed il capoluogo erano posti nell’attuale territorio di Cenate Sotto. A tal riguardo, in epoca medievale, furono numerose le diatribe tra i due borghi del paese (allora chiamato Cenate San Martino) divisi tra loro dal torrente Tadone.   Questi sfociarono in ripetuti scontri dopo che San Carlo Borromeo decise di istituire, nel 1575, una seconda parrocchia, dedicata a San Leone, nell’attuale territorio del comune, dividendo di fatto il paese. La scissione amministrativa venne ratificata nel 1611.   Nel 1927 il paese fu accorpato in un’unica entità amministrativa con i comuni di Cenate Sotto e San Paolo d'Argon, prendendo il nome di Cenate d'Argon. Il tutto durò fino al 1948, quando le tre entità vennero nuovamente scisse in singoli comuni.Il patrono del paese è San Leone Magno, in cui onore si tiene ogni anno una festa che prosegue per un giorno intero sino a notte fonda, con stand gastronomici e musicali.   La frazione di Sant'Ambrogio, che festeggia il proprio santo il 7 dicembre, ha l'aspetto di un borgo medioevale.   La frazione di Valpredina festeggia la ricorrenza della Santa Croce il 14 settembre; da qui si può accedere all'oasi del WWF.   Dalla frazione Piazze, che festeggia il 7 agosto San Gaetano, si può ammirare tutto il paese di Cenate Sopra.Di notevole interesse naturalistico risulta essere l’area posta alla base del monte Misma. A tal riguardo vi è stata istituita un’area protetta denominata Riserva Regionale Valpredina, gestita dal WWF, nella quale si possono ammirare le specie protette di flora e fauna, nonché un orto botanico.Dal punto di vista artistico il paese presenta una serie di edifici sacri di particolare interesse. In primo luogo vi è la chiesa parrocchiale, dedicata a San Leone, la cui erezione, avvenuta nel 1611, portò alla creazione del paese di Cenate Sopra. Fu edificata nel 1575 ma era di piccole dimensioni, quindi il parroco di allora affidò i lavori di abbattimento della vecchia e ricostruzione al sig. G. Battista Caniana. Nel 1832 la pala dell’Assunzione della Vergine Maria venne trasferita dalla chiesa di Misma alla chiesa parrocchiale. La chiesa poi venne ampliata nel 1923 per voglia del parroco don Giacomo Giudici, don Camillo Locatelli si occupò della decorazione interna e dell’innalzamento del campanile e don Francesco Danesi si occopò dell’intonaco esterno. Nel 1954 venne cambiato il concerto campanario che, anche tutt'oggi, presenta 8 campane in Do3 Crescente fuse dalla fonderia Luigi D'Adda a Crema Nel 1992 la chiesa venne completamente restaurata da Mons. Lucio Carminati, ora delegato vescovile ed economo della curia. La frazione e il paese festeggiano San Leone il 10 novembre. Questa struttura custodisce opere di Giovan Battista Moroni, di Carlo Ceresa e di Francesco Capella (San Pietro appare a San Leone).   Inoltre vi è la piccola chiesa di Sant'Ambrogio, posta nell’omonima frazione, risalente al XII secolo. Nel 1954 è stato ripristinato il concerto campanario con la fusione delle due campane maggiori requisite durante da seconda guerra mondiale, ossia il Sib3 e il Do4 fuse dalla fonderia Luigi D'Adda di Crema, mentre le tre campane minori sono state fuse da Pruneri di Grosio nel 1894.   Infine vi è il santuario di Santa Maria Assunta posto sul Monte Misma, raggiungibile solo a piedi: comunemente chiamata chiesetta del Misma, è una delle costruzioni più antiche del paese, costruita intorno XII secolo.