Storicamente, nel territorio di Bonate Sopra, i primi insediamenti stabili si verificarono in epoca romana, quando i conquistatori vi istituirono un vicus inserito nella circoscrizione territoriale denominata "Pagus Fortunensis". In quel periodo storico il borgo di Bonate Sopra, così come l’intera zona dell'isola, fu interessato da notevoli flussi commerciali e militari, che diedero il via ad un'importante opera di centuriazione, basata sul cardine centuriate che seguiva la direttrice Mapello-Bonate Sotto.

Nel VI secolo la situazione politica si stabilizzò grazie all'arrivo dei Longobardi, la cui presenza è testimoniata da alcuni ritrovamenti, tra i quali alcuni resti di un insediamento. Successivamente sul territorio irruppero i Franchi , i quali istituirono il Sacro Romano Impero e diedero vita al Feudalesimo Ed è a questo periodo, precisamente nel 745, che risalgono i primi documenti scritti che attestano l'esistenza del paese, suddiviso in inferiore e superiore.

 Ai veneziani subentrò nel 1797 la Repubblica  Cisalpina , subito sostituita nel 1815 però dagli austriaci, che la inserirono nel Regno Lombardo Veneto . Con l'unità d'Italia, avvenuta nel 1859, avvenne un primo processo di industrializzazione, che esplose definitivamente nella seconda metà del XX secolo ,situazione che permise un notevole miglioramento delle condizioni di vita degli abitanti.