Il nome Bonate Sotto deriva dall'appellativo di un proprietario Bonus, con l'aggiunta di sotto o inferiore. Il termine Bonate può però fare anche riferimento alla bontà del terreno coltivabile, cioè terrae bonae; il suffisso at, comune a molti nomi di località lombarde, è di origine ligure-celtico, ed ha quindi resistito alla colonizzazione romana e della lingua latina. Il paese si trova all'interno dell'area denominata Isola in quanto delimitata dai fiumi Adda a ovest e Brembo a est. Il suo territorio è bagnato su tutto il confine orientale dal fiume Brembo, mentre da nord a sud è percorso dai torrenti Lesina e Dordo. La superficie del comune è posta a una quota media di circa 215/20 mt sul livello del mare; ha una conformazione pressochè pianeggiante tranne che per alcune depressioni naturali causate dall'erosione del Brembo e della Lesina. Il terrazzo anticamente già abitato, chiuso tra Brembo e Lesina, su cui sorge la chiesa di Santa Giulia, è in stretta connessione col passaggio del Brembo che qui si allarga in un ampio alveo adatto al guado. A tali favorevoli condizioni si deve probabilmente la lunga frequentazione della stretta lingua di terra di Santa Giulia, dove, oltre a presenze preistoriche e romane, sono rilevabili imponenti e suggestivi ruderi di un insediamento longobardo.