Le origini del comune risalgono I secolo a.C ., quando nella zona si verificarono numerosi insediamenti romani , come testimoniato dai numerosi ritrovamenti archeologici dell'epoca. Il primo documento che attesta l'esistenza del borgo risale invece al 847.

	 

	La storia di Brignano si intreccia con quella dei Visconti  fin dal 1186 , data in cui Federico Barbarossa  ne concede loro il territorio  in feudo . Dopo essere passata, nel 1272, ai Torriani rientra nel possesso  dei Visconti nel 1310. Sagramoro I, figlio  illegittimo di Bernabò Visconti , è il capostipite della linea dinastica dei Visconti di Brignano. La dominazione viscontea venne sancita in modo definitivo dalla costruzione del fosso bergamasco  che delimitava i territori di Brignano a nord e ad est, dividendolo dalle terre poste sotto la repubblica di Venezia  ed includendolo definitivamente sotto l'influenza milanese. L'ultima discendente dei Visconti di Brignano, Antonietta Visconti Sauli chiude questa linea dinastica con la propria morte  nel 1892. Alcuni autori hanno riconosciuto in Francesco Bernardino Visconti l' innominato  di manzoniana memoria .