Da sempre il paese è considerato "la porta" per l’Alta Valle Brembana, e questa sua posizione strategica ha permesso che qui vi fossero insediamenti stabili già in epoca etrusca. Una corrente di pensiero ritiene infatti che il toponimo derivi dall’etrusco Le’mina. Altre ipotesi più accreditate fanno risalire il nome al periodo della dominazione romana , e precisamente da Alenus (oppure Alena), probabile abitante di quell’epoca. Si sa che i Romani si stanziarono a Lenna già nel II secolo a.C.. ed inclusero il paese, unitamente ai borghi limitrofi, in un pagus  denominato pagus brembanus. Qui sfruttarono le risorse minerarie (principalmente ferro) presenti nei monti circostanti, e crearono numerose vie di collegamento con il vicino pagus Saturnius (posto in Val Seriana ), anch’esso con una florida attività estrattiva. Questa attività fece la fortuna di Lenna, che prosperò anche durante il medioevo , quando la zona venne interessata da un crescente sviluppo demografico dovuto alle migliorate condizioni di vita, ma anche all’immigrazione di numerosi nuclei in fuga dalle lotte fratricide tra guelfi  e ghibellini . In queste zone, soggette alla dominazione della famiglia dei Visconti , era notevole l'influenza ghibellina, che tuttavia non provocò alcun tipo di scontro. Con l’avvento della Dominazione Veneta i commerci ebbero un ulteriore incremento, anche grazie alla costruzione della Via Priula , che collegava Bergamo con il Canton Grigioni . La Serenissima incluse Lenna nel dipartimento Oltre la Goggia e la rese un importante centro siderurgico, anche grazie allo sfruttamento dell’energia idrica che la zona offre, con le esportazioni (chiodi, spade ed attrezzi di lavoro) che arrivavano anche in Germania. In questo periodo nacque e visse nel piccolo paese brembano il celebre architetto Mauro Codussi , noto per le sue opere nella città lagunare. Gli eventi ed i successivi regimi politici non interessarono più di tanto il paese, almeno fino alla costruzione della ferrovia della val Brembana, avvenuta nel XIX secolo . Questa escluse dal proprio tragitto proprio Lenna, che cominciò a vivere un periodo di crisi economica. Nel 1927 il regime fascista  fece una grande opera di accorpamento tra parecchi comuni del regno d' Italia . Fu il caso anche di Lenna, che si trovò aggregato ai vicini Valnegra, Piazza Brembana, e Moio de'Calvi in un unico comune denominato San Martino de'Calvi. Soltanto nell’immediato dopoguerra, precisamente nel 1947, i comuni si separarono nuovamente, assumendo l’attuale conformazione.